Quella che viene generalmente denominata "Rivolta di Masaniello del 1647" in realtà costituisce solo la prima fase, limitata all'arco circoscritto di soli 10 giorni, di un fenomeno che invece si è protratto fino al ripristino completo dell'autorità spagnola, avvenuto circa un anno dopo, precisamente il 5 aprile 1648, allorché Don Giovanni d'Austria reimpone il dominio viceregnale.
Più propriamente vanno distinte tre fasi del fenomeno: una prima fase, che va dal 7 al 16 luglio 1647; una seconda fase, che va dalla morte di Masaniello all'ottobre 1647; una terza fase, che va dall'ottobre 1647 al 5 aprile 1648.
Questa prima fase si svolge all'insegna della protesta anti-fiscale; essa coincide con l'effettivo controllo che Masaniello riesce ad avere sull'agitazione in quanto "Capitano del Popolo", con l'organizzazione militare e civile della rivolta, con le richieste e le concessioni strappate al Viceré duca d'Arcos (i cosiddetti Capitoli), fino alle intemperanze che Masaniello comincia a mostrare e che degenerano nella sua follia e nella sua uccisione
.
In tutta questa prima fase, va considerato che solo apparentemente Masaniello è l'unico protagonista della vicenda; è ben chiaro che, in realtà, dietro di lui, si agitano anche altri interessi ed altri personaggi di rilievo, quali il giurista Giulio Genoino ed il cardinale Ascanio Filomarino, che svolgono un ruolo altrettanto determinante, favorendo poi la stessa eliminazione del Capopopolo.
2. Dalla morte di Masaniello all'ottobre 1647
Nella seconda fase, seguente la morte di Masaniello, la ribellione si estende alle province del Mezzogiorno, dove il malcontento sia cittadino sia soprattutto contadino assume una caratteristica nettamente anti-feudale ed anti-baronale, oltre che anti-fiscale.
Gli storici parlano, a tal proposito, di "Masanielli delle province", quali Nicola Mannara in Molise, Matteo Cristiano e Francesco Solazar in Puglia, Pastore di Montoro in Capitanata, Giuseppe Gervasi in Calabria.
In questa fase di "seconde rivoluzioni" i moti popolari si legano anche a fenomeni di banditismo, in linea con l'esigenza di creare continue difficoltà al predominio baronale. Tuttavia sia a causa dell'offensiva vincente che l'aristocrazia nobiliare scaglia contro ribelli che non rivelano vera capacità di aggregazione e di programmi, sia, e forse soprattutto, in seguito al mancato coordinamento tra la rivolta della Capitale Napoli e quelle dell'entroterra, questi moti provinciali sono destinati a scemare progressivamente nel giro di alcuni mesi.
3. Dall'ottobre 1647 al 5 aprile 1648
A partire dall'ottobre 1647 la Rivolta assume un preciso carattere anti-spagnolo: approfittando del conflitto in corso tra Francia e Spagna ed in risposta al minaccioso arrivo della flotta spagnola comandata da Don Giovanni d'Austria, i rivoltosi napoletani cercano l'appoggio e la protezione francese, mettendosi in contatto con un discendente degli Angiò, Enrico di Lorena, duca di Guisa. Costui è certamente allettato dalla prospettiva di impossessarsi di Napoli, ma non possiede le capacità di gestione e di mediazione necessarie a convogliare l'unanimità dei consensi e risultare vincente in un contesto politico così complesso. Non va del resto dimenticato che la Francia non ha nessuna reale intenzione di impegnarsi a fondo a favore di Napoli; per i Francesi, infatti, la rivolta di Napoli è solo un'ulteriore occasione per creare nuovi e gravi disturbi alla Spagna nel contesto già difficile della Guerra dei Trent'anni.
A Napoli, tuttavia, l'armaiolo Gennaro Annese, divenuto nuovo Capitano del Popolo, è il più forte propugnatore della linea filo-francese e, in tale direzione, proclama quella Repubblica che, in modo ambiguo ed anche ridicolo (come ha sottolineato Michelangelo Schipa) viene viaramente denominata come "Serenissima Repubblica di questo Regno di Napoli" o "Serenissima Monarchia Repubblicana" o, più semplicemente, ma non meno ambiguamente, "Reale Repubblica". Un groviglio di simboli, talora antitetici, ma di certo attestanti la confusione politico-ideologica del momento, appare anche sul vessillo della nuova Real Repubblica: le effigi della Madonna del Carmine e di San Gennaro, da un lato, i tre gigli di Francia, dall'altro, con uno scudo rosso recante la sigla S.P.Q.N. sormontata dal motto "Libertas" e dallo stemma del duca di Guisa.
A differenza di quest'ultimo, Don Giovanni d'Austria, figlio naturale di Filippo IV, si rivela abile diplomatico: riesce da una parte ad attutire le spinte filo-francesi di buona parte della nobiltà napoletana, dall'altra ad ingraziarsi il popolo non solo con il vecchio strumento della corruzione, ma anche promettendo l'indulto per qualsiasi reato commesso dal 7 luglio 1647, l'abolizione delle gabelle imposte dopo Carlo V e la parità di voti tra nobili e popolo nell'Amministrazione cittadina.
Forte degli appoggi trovati, il 5 aprile 1648 sferra l'ultimo attacco alla città e,vincendo, fa prigioniero il Guisa, che vi si è insediato già dal novembre del 1647. Napoli rientra definitivamente nell' "orbita" spagnola; la prima testa a cadere in Piazza del Carmine è quelle di Gennaro Annese, per la cui esecuzione valgono le parole che ha scritto un ignoto poeta, sicuramente conoscitore dei fatti:
Ma stolto non s'avvede il volgo lieve
che dove alle grandezze aspira audace
dal Mercato alla forca il passo è breve.